分子科学研究所は、次世代スーパーコンピュータを分子・物質の計算科学のシミュレーションで最大限に活用できるよう、計算科学理論・方法論の確立と、それらに基づくソフトウェアの開発を行う拠点です。

電子・原子・分子レベルからの精緻な大規模計算に基づいて、ナノスケールの物質で発現する特有の現象・特性を解明し、予測することを目標としています。具体的には、「次世代ナノ情報機能・材料」「次世代ナノ生体物質」「次世代エネルギー」の3つのグランドチャレンジ課題を設定して、それぞれの分野の解明にブレイクスルーをもたらす計算科学の飛躍知の発見・発明に繋げます。

また、研究開発拠点に産学連携体制を構築し、研究成果の産業界への展開を図っています。